Skip to content

penilarge gdańsk

2 miesiące ago

664 words

Aby określić, czy takie geny są naprawdę zróżnicowane, porównaliśmy nasze wyniki z genami związanymi z genem pochodzącym z komórek z jednego z naszych wcześniejszych badań (przeprowadzonego na matrycach kolagenowych typu I) (28). Uznaliśmy, że jeśli w obu badaniach modulowano geny w tym samym kierunku w fibroblastach IPF, obserwowane różnice były prawdopodobnie prawdziwe. Zbiór genów o wartości P mniejszej niż 0,05 w obu badaniach (72 geny) wskazuje na umiarkowaną zgodność pomiędzy dwoma badaniami (. = 0,476, 95% CI: 0,269. 0,682) (Figura 1I) i potwierdza przypuszczenie, że rzeczywiście istnieje zestaw genów, które są różnicowo wyrażane w zależności od pochodzenia komórki. Aby dokładniej zbadać tę kwestię, przeanalizowaliśmy opublikowany zbiór danych z mikromacierzy, który skupił się na różnicach RNA w stanie stacjonarnym między IPF a komórkami kontrolnymi (przeprowadzonych na plastikowym materiale hodowlanym, a zatem oczekuje się, że będzie się różnić od innych badań przeprowadzonych na matrycach biologicznych) (33). Ten zestaw danych wykazał jedynie słabe dowody różnic między IPF a komórkami kontrolnymi (rysunek 1J). Tak więc konsensus między tymi badaniami jest taki, że chociaż istnieją prawdziwe różnice w ekspresji genów między IPF i fibroblastami kontrolnymi, różnice te są stosunkowo niewielkie w porównaniu ze zmianami wywołanymi przez ECM IPF, które obserwowaliśmy tutaj. Główna rola translacji w odpowiedzi ekspresji genów na IPM ECM. Ponieważ zmierzyliśmy zarówno całkowite RNA w stanie ustalonym, jak i RNA związane z polisomem, mieliśmy możliwość określenia względnego udziału poziomów RNA w stanie stacjonarnym (odzwierciedlających stabilność transkrypcji i RNA) i translacji do obserwowanych zmian ekspresji genów indukowanych przez ECM. Aby zbadać translację, poziomy RNA związanego z polisomem muszą zostać skorygowane o udział innych mechanizmów w szlaku ekspresji genów (34). Jest to konieczne, ponieważ geny, których stały poziom RNA zwiększają się, będą same w sobie wykazywały większą ilość RNA związanego z polisomami bez żadnej regulacji translacji. Korekta jest często dokonywana przez uwzględnienie współczynnika sprawności translacyjnej (TE) (RNA związane z polisomem / RNA w stanie stacjonarnym). Jednak ta procedura błędnie zakłada, że wzrost w stanie stacjonarnym RNA jest bezgłośnie związany 1: ze wzrostem RNA związanego z polisom (prowadząc do zwiększonego poziomu fałszywych wyników dodatnich i fałszywie ujemnych, gdy TE stosuje się do porównania warunków). W związku z tym wykorzystaliśmy bardziej niezawodną metodę korekcji, zwaną ANOTA (analiza aktywności translacyjnej) (34, 35), która niedawno okazała się lepiej odzwierciedlać różnice w proteomach w porównaniu ze wskaźnikami TE (36). W tej metodzie dane RNA związane z polisomem są korygowane za pomocą dopasowania liniowego do danych RNA stanu ustalonego, co pozwala na ocenę efektów biologicznych na poziomie translacji. Zastosowaliśmy tę metodę i dopasowaliśmy liniowy model per-genu, aby określić wpływ włóknistego ECM na translację: Expoly =. Ss. Exss +. ECM +. Linia komórkowa +. W obrębie osobnika (równanie 1), gdzie odpowiednio Expoly i Exss są danymi z odpowiednio sprzężonego z polisom i stabilnego stanu RNA, p oznacza dopasowaną zależność liniową RNA związanego z polisomem. RNA w stanie ustalonym,. ECM jest różnicą ekspresji komórek w IPM ECM w porównaniu z kontrolnym ECM, linia komórkowa p jest względną ekspresją genu w określonej linii komórkowej (zawartej w celu uwzględnienia znaczącej zmienności w ekspresji genów pomiędzy fibroblasty od różnych pacjentów), a. wewnątrz podmiotu jest błędem wewnątrz podmiotu. Rozmiar (i istotność statystyczna). ECM odzwierciedla różnicę w translacji wywołaną przez IPF ECM. Podobny model zastosowano do analizy efektów komórkowych. W celu ustalenia, czy wpływ włóknistego ECM wynikał głównie ze zmian poziomu RNA w stanie stacjonarnym lub zmian w translacji, obliczyliśmy skumulowany rozkład prawdopodobieństwa FDR dla każdego poziomu (stabilny RNA, RNA związane z polisomem i translacja [tj. skorygowany przez ANIA RNA związany z polisomem]) (Figura 2A)
[hasła pokrewne: neosine syrop opinie, podgłośniowe zapalenie krtani, co na ugryzienie osy ]

0 thoughts on “penilarge gdańsk”