Skip to content

Wykrywanie koronawirusa SARS w osoczu za pomocą RT-PCR w czasie rzeczywistym

2 miesiące ago

762 words

Identyfikacja i sekwencjonowanie nowego koronawirusa1 powiązanego z ostatnio opisanym ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej (SARS) 2 pozwoliły na opracowanie opartych na przeciwciałach i opartych na genomie testów infekcji. [4] Mimo że serokonwersja przeciwciała zapewnia wiarygodny dowód zakażenia, nie nadaje się do wczesnej diagnozy. Techniki wykrywania genomu mogą potencjalnie zapewnić wczesną diagnozę, ale czułość testów na obecność genomu próbek oddechowych, takich jak wymazy z nosa i gardła, prawdopodobnie będzie niska u pacjentów, którzy przedwcześnie otrzymają gorączkę, przed wystąpieniem objawów ze strony układu oddechowego. W związku z tym zbadaliśmy potencjał wykrywania genomu we krwi w celu postawienia diagnozy w tej bardzo wczesnej fazie.
Łącznie 65 próbek osocza pobranych w ciągu 10 dni po wystąpieniu gorączki było dostępnych od 26 pacjentów z SARS w szpitalu Prince of Wales Hospital w Hongkongu. Wszyscy pacjenci spotkali się z definicją przypadku Światowej Organizacji Zdrowia i mieli serokonwersję lub czterokrotne zwiększenie ilości przeciwciała przeciwko koronawirusowi związanemu z SARS (SARS-CoV), mierzonemu przez immunofluorescencję. Wirusowe RNA ekstrahowano i amplifikowano za pomocą zagnieżdżonej reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkryptazą (RT-PCR), z zastosowaniem zarówno jakościowych jak i ilościowych testów w czasie rzeczywistym (system ABI Prism 7000) i zestawów starterów opisanych przez Drostena i innych .4 Pełne szczegóły protokołów badań dostępne są jako Dodatek Dodatek wraz z pełnym tekstem tego listu na stronie www.nejm.org.
Ryc. 1. Ryc. 1. Wykrywanie zespołu ostrej ostrej niewydolności oddechowej (SARS) – powiązanego koronawirusa z testem łańcuchowej reakcji polimerazy z odwrotną transkryptazą (PCR) (panel A) i zmianami w ładunku wirusowym (panel B) w otrzymanych próbkach osocza do 10 dni po wystąpieniu ataku gorączki u 26 pacjentów. Uważano, że zakażenie wirusowe zostało wykryte, jeżeli wirusowy RNA znaleziono metodą zagnieżdżonej konwencjonalnej lub real-time PCR. Liczba w każdym punkcie czasowym w panelu B jest liczbą przetestowanych próbek.
Częstość wykrywania RNA SARS-CoV u 24 pacjentów badanych w ciągu trzech dni po wystąpieniu gorączki wynosiła 79 procent (wykrywanie u 19 z 24 pacjentów). W okresie od 3 do 10 dni po wystąpieniu gorączki nie zidentyfikowano dodatkowych pacjentów z wiremią za pomocą testu jakościowego lub ilościowego (rysunek 1A). U 19 pacjentów, u których genom wirusowy można było zmierzyć przy jednym lub kilku okazjach, poziom wiremii w osoczu wzrastał wcześnie i był najsilniejszy około 4 lub 5 dnia po wystąpieniu gorączki (Figura 1B). Obciążenie wirusowe następnie zmniejszyło się u większości pacjentów, chociaż pozostawało ono wykrywalne na niskim poziomie u czterech z pięciu pacjentów, od których pobrano próbki w dniu 9 lub dniu 10.
Czułość wykrywania wynosząca 79% w ciągu pierwszych trzech dni jest lepsza niż w przypadku wymazu z nosa i gardła i jest równoważna z aspiratami nosowo-gardłowymi.3 W obecnym protokole analizowano RNA tylko z 70 .l osocza, a prawdopodobnie odwirowanie większej objętości plazmy zwiększy czułość wykrywania. Zastosowanie wiremii plazmowej do diagnozowania zakażenia SARS-CoV ma również tę zaletę, że nie wymaga aspiracji nosowo-gardłowej, co jest uważane za ryzykowną procedurę.5
Paul R. Grant, Ph.D.
Jeremy A. Garson, MD, Ph.D.
Richard S. Tedder, FRCP, FRCPath.
Royal Free and University College Medical School, Londyn W1T 4JF, Wielka Brytania
paul. [email protected] ac.uk
Paul KS Chan, MD
John S. Tam, Ph.D.
Joseph JY Sung, MD, Ph.D.
Szpital Prince of Wales, Shatin, NT, Hongkong, Chiny
5 Referencje1. Ksiazek TG, Erdman D, Goldsmith CS, i in. Nowatorski koronawirus związany z ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej. N Engl J Med 2003; 348: 1953-1966
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
2. Lee N, Hui D, Wu A, i in. Poważny wybuch ciężkiego zespołu ostrej niewydolności oddechowej w Hong Kongu. N Engl J Med 2003; 348: 1986-1994
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
3. Poon LL, Wong OK, Luk W, Yuen KY, Peiris JS, Guan Y. Szybka diagnoza koronawirusa związanego z ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej (SARS). Clin Chem 2003; 49: 953-955
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
4. Drosten C, Gunther S, Preiser W, i in. Identyfikacja nowego koronawirusa u pacjentów z ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej. N Engl J Med 2003; 348: 1967-1976
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
5. Tsang KW, Mok TY, Wong PC, Ooi GC. Ciężki zespół ostrej niewydolności oddechowej (SARS) w Hongkongu. Respirology 2003; 8: 259-265
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
Materiał uzupełniający
(39)
[podobne: amiodaron, bupropion, klimakterium ]
[przypisy: neosine syrop opinie, wbc podwyższone, ślepota zmierzchowa ]

0 thoughts on “Wykrywanie koronawirusa SARS w osoczu za pomocą RT-PCR w czasie rzeczywistym”