Skip to content

Szacowany czas ostatniego wspólnego przodka koronawirusa SARS

3 tygodnie ago

242 words

Wykorzystując sekwencje wirusowe pochodzące z próbek klinicznych zebranych w Hongkongu w okresie od lutego do kwietnia 2003 r. Od 139 pacjentów z ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej (SARS) 1, próbowaliśmy oszacować czas ostatniego wspólnego przodka koronawirusa związanego z niedawnymi epidemiami SARS. Wcześniej opisywaliśmy wyniki analizy filogenetycznej przy użyciu tego samego zestawu sekwencji genów spiczych, jak w koronawirusie związanym z SARS (SARS-CoV) wyizolowanym podczas wczesnej fazy wybuchu epidemii (od lutego do kwietnia) w Hongkongu i południowych Chinach wraz z dostępnymi w publicznej bazie danych.1
Rysunek 1. Rycina 1. Czas ostatniego wspólnego przodka SARS-CoV w Hongkongu. Rozbieżność sekwencji w stosunku do sekwencji przodków wykreślono względem czasu próbkowania (GraphPad Prism, wersja 4.00) .3 Czerwona linia reprezentuje linię najlepszego dopasowania uzyskaną za pomocą analizy regresji liniowej, a niebieskie linie wskazują 95-procentowe przedziały ufności.
Przyjmując, że współczynnik mutacji był jednolity, przeprowadziliśmy analizę regresji liniowej, która była podobna do metody stosowanej do określenia momentu powstania wirusa ludzkiego braku odporności typu 1.2 Rozbieżność (tj. Długość gałęzi), w oparciu o genetyczną odległość między izolaty i korzeń phylogramu wykreślono jako funkcję czasu próbkowania (rys. 1). 2,4 Korzeń zdefiniowano jako pierwszy punkt rozbieżności2 hipotetycznego wspólnego przodka SARS-CoV. Linia najlepszego dopasowania została wygenerowana przez analizę regresji liniowej ekstrapolowaną z powrotem do przeszłości. Stwierdzono, że rozbieżność sekwencji od wspólnego przodka ma liniowy związek z czasem (P <0,001) w sposób progresywny. Ostatni wygląd wspólnego przodka SARS-CoV został oszacowany na 12 grudnia 2002 r. (95-procentowy przedział ufności, 26 września 2002 r., Do 13 stycznia 2003 r.), Kiedy wartość rozbieżności wynosiła zero. To odkrycie sugeruje, że pierwsze odchylenie wirusa przodków mogło nastąpić pod koniec 2002 r., W pobliżu pierwszych raportów SARS w południowych Chinach5. Chociaż potrzebne jest dodatkowe próbkowanie sekwencji, obejmujące dłuższe ramy czasowe, obecne wyniki badań rzucają nieco światła na pochodzenie SARS-CoV, a zatem mogą pomóc w wyjaśnieniu jego ewolucji.
Fanya Zeng, Ph.D.
Ken YC Chow, B.Sc.
Frederick C. Leung, Ph.D.
Uniwersytet w Hongkongu, Hongkong, Chiny
[email protected] hku.hk
5 Referencje1. Guan Y, Pieris JSM, Zheng B, i in. Epidemiologia molekularna nowego koronawirusa powodującego ciężki zespół ostrej niewydolności oddechowej (SARS). Lancet (w druku).
Google Scholar
2. Korber B, Muldoon M, Theiler J, i in. Czas przodka szczepów pandemicznych HIV-1. Science 2000; 288: 1789-1796
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
3. Zastosowanie DR. Prism 4 GraphPad Software, Inc. 5755 Oberlin Drive, # 110, San Diego, CA 92121: www.graphpad.com: patrz strona internetowa zawierająca informacje o cenach. J Am Chem Soc 2003; 125: 10482-10482
Crossref Web of ScienceGoogle Scholar
4. Korber B, Theiler J, Wolinsky S. Ograniczenia zegara molekularnego zastosowane do rozważań na temat pochodzenia HIV-1 Science 1998; 280: 1868-1871
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
5. Ciężki zespół ostrej niewydolności oddechowej (SARS). Wkly Epidemiol Rec 2003; 78: 81-83
MedlineGoogle Scholar
(9)
[podobne: chloramfenikol, ambroksol, sklerodermia ]
[przypisy: olx nowa ruda, lodowaty kwas octowy, abrazja ginekologia ]

0 thoughts on “Szacowany czas ostatniego wspólnego przodka koronawirusa SARS”